Petit génie malgré lui, Malcolm vit dans une famille hors du commun. Le jeune surdoué n'hésite pas à se servir de son intelligence pour faire les 400 coups avec ses frères : Francis, l'aîné, envoyé dans une école militaire après une bêtise de trop, Reese, une brute pas très maligne, et Dewey, le petit dernier, souffre douleur général. Les parents tentent tant bien que mal de canaliser l'énergie de ces petits démons. Si Loïs est despotique et veut tout contrôler, Hal, en revanche, est irresponsable et ne pense qu'à s'amuser.
Après une série de tests révélant un QI plutôt élevé, Malcolm intègre, en dépit de ses protestations, la classe des petits génies...
Pour fêter leur anniversaire de mariage, les parents de Malcolm ont prévu de dîner dans un restaurant chic...
Loïs et Hal, invités à un mariage, demandent à leur fils aîné Francis de garder ses frères durant le week-end. Malcolm apprend alors que son grand frère pourrait ne plus avoir à retourner à l'école militaire s'il remplit bien sa mission.
Kevin, un garçon turbulent, vole son ballon à Malcolm dans la cour de récréation...
Malcolm supplie ses parents de lui offrir un robot. Un hic mais de taille : ce jouet coûte très cher. Malcolm devra faire du babysitting !...
A l'école militaire de Francis, les élèves les plus âgés terrorisent les plus jeunes, qu'ils choisissent avec une petite tête coupée, la «poquito cabeza»...
Francis fait exploser la note de téléphone : il a utilisé la carte téléphonique de ses parents pour appeler Beebee, sa petite amie, de son école militaire...
Malcolm ne veut pas participer au pique-nique annuel qui réunit sa classe, composée de surdoués. Il est d'autant plus réticent que son frère Francis est de retour à la maison pour le week-end. Mais sa mère l'oblige à s'y rendre...
Malcolm, Reese et Dewey vont chercher leur mère au travail. Loïs leur interdit catégoriquement de toucher à quoi que ce soit. Mais Reese et Malcolm sont bien décidés à n'en faire qu'à leur tête...
Lois cherche désespérément le chèque qu'elle devait déposer à la banque, pour payer toutes les factures...
La famille de Malcolm doit assister aux funérailles d'une parente. Hal explique à Dewey qu'après la mort le corps se transforme en ballon, devient plat comme une crêpe et finit par se faire dévorer par des microbes. Malcolm, lui, est furieux de devoir annuler un important rendez-vous...
Francis a encore fait des siennes à l'armée. Son commandant le réquisitionne pour effectuer les corvées jusqu'à la fin du semestre...
Malcolm veut apprendre à patiner mais toute la famille le lui déconseille. Il demande tout de même à son père - ancien champion de patinage artistique - de lui enseigner l'art du roller...
Loïs va partir quatre jours en Alabama auprès de son fils Francis qui doit subir une intervention chirurgicale. C'est la première fois qu'elle sera séparée de son mari...
Malcolm, Reese et Dewey ont encore fait une grosse bêtise. Loïs les punit en leur interdisant de regarder la télévision pendant tout le week-end !...
La famille de Malcolm passe quelques jours dans un parc aquatique, "Le Liquidateur". Mais Dewey est malade et doit garder la chambre. Loïs engage alors une baby-sitter, qui se révèle des plus étranges. Cette femme lui interdit en effet de bouger et de parler...